Remise en cause par les théories scientifiques au XVIIe siècle

À partir du XVIIe siècle, les observations de Galilée remirent en cause les interprétations de la Bible, particulièrement les passages cosmologiques de l'Ancien Testament.

En 1623, le père Marin Mersenne, correspondant de Descartes, qui était au centre d'un réseau philosophique et scientifique, publia Questions sur la Genèse, ouvrage dans lequel il critiqua violemment la Kabbale chrétienne.

Après le procès de Galilée (1633), Descartes n'eut de cesse de critiquer la « philosophie spéculative » enseignée dans l'école scolastique, lui préférant une méthode « pratique » permettant aux hommes de se « rendre comme maîtres et possesseurs de la nature » (discours de la méthode, Sixième partie, 1637). Le cogito de Descartes (méditations sur la philosophie première, 1641) est la manifestation de ce doute d'une cause première entendue au sens religieux et métaphysique traditionnel.

Ce fut le point de départ de la mise en place d'un paradigme mécaniste (Michel Foucault parle d'épistémè), qui discrédita progressivement la philosophie première d'Aristote, et bouleversa l'édifice scolastique. Le positivisme d'Auguste Comte, les philosophies scientistes, et le darwinisme abandonnèrent le principe même des causes premières, et allèrent jusqu'à nier toute causalité des phénomènes entendue en un sens autre que purement physique.